C'est le vrai argument de l'île, et celui qui justifie d'y dormir plutôt que d'y passer. Les récifs qui entourent les trois Nusa sont alimentés par des courants froids venus du sud, ce qui explique à la fois la densité de vie sous l'eau et la température de l'eau, souvent plus fraîche qu'ailleurs à Bali. Une combinaison fine se justifie même en saison sèche.
Les sorties standard enchaînent trois arrêts sur une demi-journée. Manta Point, au sud de Nusa Penida, où les raies viennent se faire nettoyer au-dessus d'un plateau rocheux presque toute l'année. Puis deux récifs plus calmes du côté de Crystal Bay ou Gamat Bay, avec des tortues et des bancs de poissons de récif. Certains bateaux ajoutent Mangrove Point, juste au nord de Lembongan, qui a l'avantage d'être à cinq minutes du départ.
Deux points que les guides passent souvent sous silence. Le premier : le courant. Blue Corner est un site réputé mais il est réservé aux plongeurs expérimentés, et à Manta Point la houle rend parfois la mise à l'eau franchement inconfortable. Le second : le mola-mola, ce poisson-lune géant que tout le monde espère, remonte des eaux profondes surtout de juillet à octobre, en plongée bouteille et par une eau à vingt degrés. En snorkeling depuis la surface, les chances sont proches de zéro.